Historie Benátek je od nejstarších dob také historií laguny, která je na ní vzájemně závislá. Město je výrazně ovlivňováno přílivem a odlivem. Benátská laguna je vnitrozemský mořský úsek o rozloze 550 km2, 50 km dlouhý a 8-14 km široký. Laguna je největší ve Středozemním moři a od Jaderského moře ji chrání řetěz úzkých písečných pásů pevniny.

Dlouhý pás země a písku se táhne v oblouku Punta Sabbioni podél ostrovů Lido, Pellestrina a Ca' Roman a končí u Chioggia a Sottomarina. Dvakrát denně se příliv a odliv valí přes tři zátoky a čistí vody laguny a benátských kanálů.  Tři zátoky se nazývají Lido di San Nicolò, Malamocco a Chioggia. Dříve zde byly čtyři zátoky, ale v polovině 17. století byla vybudována dlouhá istrijská kamenná hráz, která spojila ostrovy Pellestrina a Ca' Roman. Touto úpravou vznikla jedna z nejméně známých, ale nejromantičtějších promenád v laguně. 

Tato díla udržovala důležitou rovnováhu, protože umožňovala přílivu a odlivu čistit lagunu a zadržovat veškerou sílu moře. Od římských dob, s archeologickými doklady v Malamoccu, se objevuje snaha o udržení existenční rovnováhy. Udržení této rovnováhy bylo vždy hlavním zájmem města a okolí V průběhu staletí mnoho ostrovů zmizelo, voda je zatopila a erodovala, ale laguna zůstala posetá ostrovy. 

Například San Giorgio Maggiore a Giudecca se nacházejí v jižní části města. San Michele, Isola del Cimitero a Murano, srdce sklářského průmyslu, leží severněji. Na severu se nacházejí také ostrovy Burano, Mazzorbo a Torcello, kdysi významná trojice osad. Bariérové ostrovy Lido a Pellestrina střeží zátoky laguny.  K dalším významným ostrovům patří bukolický Sant'Erasmo, velký zemědělský ostrov, který dodnes poskytuje mnoho městské zeleniny. San Francesco del Deserto a San Lazzaro degli Armeni, v nichž se dodnes nacházejí kláštery. Menší ostrovy, které se stále používají, jsou San Servolo a Sant'Andrea. San Servolo byla kdysi psychiatrická léčebna a nyní je součástí Mezinárodní univerzity v Benátkách. San Clemente se svým hotelem zůstává jedním z nejelegantnějších míst v Benátkách. 

Mnoho ostrovů v laguně je nyní neobydlených, a to z důvodu koncentrace v jiných produktivnějších oblastech, zvýšení hladiny laguny a dalších proměnných. V posledních letech tuto křehkou rovnováhu narušil rozvoj průmyslu, masový cestovní ruch, velké lodě a další faktory. Městská rada v Benátkách se pokusila zastavit nárůst hladiny laguny vytvořením systému mobilních hrází s názvem Mose, který začal fungovat v roce 2003. Dosud nebyl dokončen.  Jejím úkolem je zastavit nadměrný přítok vody otvory v písečných březích laguny.

Ekosystém laguny je jistě velmi nejistý, ale v průběhu staletí se mu podařilo přežít. Změna klimatu laguně a její již tak citlivé rovnováze rozhodně neprospěje.