Dejiny Benátok sú od najstarších čias aj dejinami lagúny, ktoré sú na sebe vzájomne závislé. Mesto bolo výrazne ovplyvnené prílivom a odlivom. Benátska lagúna je vnútrozemský úsek mora s rozlohou 550 km2, dĺžkou 50 km a šírkou 8-14 km. Lagúna je najväčšia v Stredozemnom mori a od Jadranského mora ju chráni reťaz úzkych piesčitých pásov pevniny.
Dlhý pás pevniny a piesku sa tiahne po oblúku Punta Sabbioni, nasleduje ostrovy Lido, Pellestrina a Ca' Roman a končí pri Chioggii a Sottomarine. Dvakrát denne sa príliv a odliv prevalí cez tri zátoky a vyčistí vody lagúny a benátskych kanálov. Tri zátoky sa nazývajú Lido di San Nicolò, Malamocco a Chioggia. Kedysi tu boli štyri zátoky, ale v polovici 17. storočia bola vybudovaná dlhá istrijská kamenná hrádza, ktorá spája ostrovy Pellestrina a Ca' Roman. Táto úprava vytvorila jednu z najmenej známych, ale najromantickejších promenád v lagúne.
Tieto práce udržiavali dôležitú rovnováhu, aby príliv a odliv čistil lagúnu a zadržiaval všetku silu mora. Už od rímskych čias sa na základe archeologických nálezov v Malamoccu objavuje snaha o zachovanie existenčnej rovnováhy. Udržanie tejto rovnováhy bolo vždy hlavným záujmom mesta a okolia V priebehu storočí mnohé ostrovy zmizli, boli zatopené vodou a erodované, ale lagúna zostala posiata ostrovmi.
Napríklad San Giorgio Maggiore a Giudecca sa nachádzajú v južnej časti mesta. San Michele, Isola del Cimitero a Murano, srdce sklárskeho priemyslu, ležia severnejšie. Na severe sa nachádzajú aj ostrovy Burano, Mazzorbo a Torcello, ktoré boli kedysi významnou trojicou osád. Bariérové ostrovy Lido a Pellestrina strážia zátoky lagúny. K ďalším dôležitým ostrovom patrí bukolický Sant'Erasmo, veľký poľnohospodársky ostrov, ktorý dodnes poskytuje mestu veľa zeleniny. San Francesco del Deserto a San Lazzaro degli Armeni, v ktorých sa stále nachádzajú kláštory. Menšie ostrovy, ktoré sa stále používajú, sú San Servolo a Sant'Andrea. San Servolo bola kedysi psychiatrická nemocnica a v súčasnosti je súčasťou Medzinárodnej univerzity v Benátkach. San Clemente so svojím hotelom zostáva jednou z najelegantnejších destinácií v Benátkach.
Mnohé z ostrovov v lagúne sú v súčasnosti neobývané v dôsledku koncentrácie v iných produktívnejších oblastiach, zvýšenia hladiny lagúny a iných premenných. V posledných rokoch priemyselný rozvoj, masový cestovný ruch, veľké lode a iné faktory narušili túto krehkú rovnováhu. Mestská rada v Benátkach sa pokúsila zastaviť zvyšovanie hladiny lagúny vytvorením systému mobilných hrádzí s názvom Mose, ktorý sa začal budovať v roku 2003. Zatiaľ nebol dokončený. Jeho úlohou je zastaviť nadmerný prítok vody cez otvory v pieskových náplavoch lagúny.
Ekosystém lagúny je určite veľmi neistý, ale v priebehu storočí sa mu podarilo prežiť. Klimatické zmeny lagúne a jej už aj tak citlivej rovnováhe určite nepomôžu.