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Desde los primeros tiempos, la historia de Venecia ha sido también la de la laguna, en una relación de interdependencia. La ciudad se ha visto muy influenciada por el flujo y reflujo de las mareas. La laguna de Venecia es un tramo de mar interior que cubre una superficie de 550 kilómetros cuadrados, con 50 km de longitud y entre 8 y 14 km de ancho. La laguna es la mayor del Mediterráneo y está protegida del Adriático por una cadena de estrechas franjas de arena.

La larga franja de tierra y arena se extiende en la curva de Punta Sabbioni siguiendo las islas de Lido, Pellestrina y Ca' Roman, para terminar en Chioggia y Sottomarina. Dos veces al día, las mareas atraviesan las tres ensenadas, limpiando las aguas de la laguna y los canales venecianos.  Las tres calas se llaman Lido di San Nicolò, Malamocco y Chioggia. Antes había cuatro ensenadas, pero a mediados del siglo XVII se construyó un largo dique de piedra de Istria para unir las islas de Pellestrina y Ca' Roman. Esta modificación creó uno de los paseos menos conocidos pero más románticos de la laguna. 

Estas obras mantenían un equilibrio vital al permitir que las mareas limpiaran la laguna y mantuvieran fuera toda la fuerza del mar. Desde la época romana, con evidencias arqueológicas en Malamocco, se ha intentado mantener un equilibrio existencial. Mantener este equilibrio ha sido siempre la principal preocupación de la ciudad y sus alrededores A lo largo de los siglos han desaparecido muchas islas, sumergidas por las aguas y erosionadas, pero la laguna sigue estando salpicada de islas. 

Por ejemplo, San Giorgio Maggiore y Giudecca se encuentran cerca del sur de la ciudad. San Michele, la Isola del Cimitero y Murano, el corazón de la industria del vidrio, se encuentran más al norte. También al norte se encuentran las islas de Burano, Mazzorbo y Torcello, que en su día fueron un importante trío de asentamientos. Las islas de barrera de Lido y Pellestrina vigilan las entradas de la laguna.  Otras islas importantes son la bucólica Sant'Erasmo, una gran isla agrícola que sigue proporcionando muchas de las verduras de la ciudad. San Francesco del Deserto y San Lazzaro degli Armeni, que aún albergan monasterios. Las islas menores que aún se utilizan son San Servolo y Sant'Andrea. San Servolo fue en su día un hospital psiquiátrico y ahora forma parte de la Universidad Internacional de Venecia. San Clemente, con su hotel, sigue siendo uno de los destinos más elegantes de Venecia. 

Muchas de las islas de la laguna están ahora deshabitadas, debido a la concentración en otras zonas más productivas, la subida de la laguna y otras variables. En los últimos años, el desarrollo industrial, el turismo de masas, los grandes barcos y otros factores han socavado el delicado equilibrio. El Ayuntamiento de Venecia ha intentado frenar la subida de la laguna creando un sistema de diques móviles llamado Mose, que comenzó en 2003. Todavía no se ha completado.  Su función es frenar la entrada excesiva de agua a través de las aberturas de los bancos de arena de la laguna.

El ecosistema de la laguna es ciertamente muy precario, pero a lo largo de los siglos ha conseguido sobrevivir. Ciertamente, el cambio climático no ayudará a la laguna y a su ya delicado equilibrio.