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Depuis les temps les plus anciens, l'histoire de Venise est aussi celle de la lagune, dans une relation d'interdépendance. La ville a été fortement influencée par le flux et le reflux des marées. La lagune de Venise est une étendue de mer intérieure d'une superficie de 550 kilomètres carrés, longue de 50 km et large de 8 à 14 km. La lagune est la plus grande de la mer Méditerranée et est protégée de la mer Adriatique par une chaîne d'étroites bandes de terre sablonneuses.

La longue bande de terre et de sable s'étend sur la courbe de Punta Sabbioni en suivant les îles de Lido, Pellestrina et Ca' Roman, pour se terminer à Chioggia et Sottomarina. Deux fois par jour, les marées s'abattent sur les trois bras de mer, nettoyant les eaux de la lagune et des canaux vénitiens.  Les trois criques s'appellent Lido di San Nicolò, Malamocco et Chioggia. Il y avait autrefois quatre bras de mer, mais au milieu des années 1700, un long barrage en pierre d'Istrie a été construit pour relier les îles de Pellestrina et Ca' Roman. Cette modification a créé l'une des promenades les moins connues mais les plus romantiques de la lagune. 

Ces ouvrages maintenaient un équilibre vital en permettant aux marées de nettoyer la lagune et d'empêcher toute force de la mer. Depuis l'époque romaine, avec des preuves archéologiques à Malamocco, une tentative a été faite pour maintenir un équilibre existentiel. Le maintien de cet équilibre a toujours été la principale préoccupation de la ville et de ses environs. Au fil des siècles, de nombreuses îles ont disparu, submergées par les eaux et érodées, mais la lagune reste parsemée d'îles. 

Par exemple, San Giorgio Maggiore et Giudecca sont situés près du sud de la ville. San Michele, l'Isola del Cimitero et Murano, le cœur de l'industrie du verre, se trouvent plus au nord. Au nord se trouvent également les îles de Burano, Mazzorbo et Torcello, qui constituaient autrefois un important trio d'établissements. Les îles-barrières de Lido et Pellestrina gardent les entrées de la lagune.  Parmi les autres îles importantes, citons la bucolique Sant'Erasmo, une grande île agricole qui fournit encore une grande partie des légumes de la ville. San Francesco del Deserto et San Lazzaro degli Armeni, qui abritent encore des monastères. Les plus petites îles encore utilisées sont San Servolo et Sant'Andrea. San Servolo était autrefois un hôpital psychiatrique et fait désormais partie de l'Université internationale de Venise. San Clemente, avec son hôtel, reste l'une des destinations les plus élégantes de Venise. 

De nombreuses îles de la lagune sont aujourd'hui inhabitées, en raison de la concentration dans d'autres zones plus productives, de l'élévation de la lagune et d'autres variables. Ces dernières années, le développement industriel, le tourisme de masse, les grands navires et d'autres facteurs ont mis à mal cet équilibre délicat. Le conseil municipal de Venise a tenté d'endiguer la montée de la lagune en créant un système de digues mobiles appelé Mose, qui a débuté en 2003. Il n'est pas encore achevé.  Sa fonction est d'endiguer l'afflux excessif d'eau par les ouvertures dans les bancs de sable de la lagune.

L'écosystème de la lagune est certes très précaire, mais au fil des siècles, il a réussi à survivre. Il est certain que le changement climatique n'aidera pas la lagune et son équilibre déjà sensible.