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Desde os primeiros tempos a história de Veneza tem sido também a da lagoa, numa relação de interdependência. A cidade tem sido muito influenciada pelo refluxo e fluxo das marés. A lagoa de Veneza é uma extensão de mar interior que cobre uma área de 550 quilómetros quadrados, 50 km de comprimento e 8-14 km de largura. A lagoa é a maior do Mar Mediterrâneo e está protegida do Mar Adriático por uma cadeia de estreitas faixas de terra arenosa.

A longa faixa de terra e areia estende-se na curva de Punta Sabbioni, seguindo as ilhas de Lido, Pellestrina e Ca' Roman, terminando em Chioggia e Sottomarina. Duas vezes por dia, as marés caem através das três enseadas, limpando as águas da lagoa e dos canais venezianos.  As três entradas são chamadas Lido di San Nicolò, Malamocco e Chioggia. Havia quatro enseadas, mas em meados do século XVII foi construída uma longa barragem de pedra da Ístria para se juntar às ilhas de Pellestrina e Ca' Roman. Esta modificação criou um dos calçadões menos conhecidos mas mais românticos da lagoa. 

Estes trabalhos mantiveram um equilíbrio vital ao permitir que as marés limpassem a lagoa e mantivessem fora toda a força do mar. Desde a época romana, com provas arqueológicas em Malamocco, tem sido feita uma tentativa de manter um equilíbrio existencial. A manutenção deste equilíbrio foi sempre a principal preocupação da cidade e dos seus arredores. Ao longo dos séculos, muitas ilhas desapareceram, submersas pelas águas e erodidas, mas a lagoa permanece salpicada de ilhas. 

Por exemplo, San Giorgio Maggiore e Giudecca estão localizadas perto do sul da cidade. San Michele, a Isola del Cimitero e Murano, o coração da indústria vidreira, situam-se mais a norte. Também ao norte estão as ilhas de Burano, Mazzorbo e Torcello, outrora um trio importante de povoações. As ilhas barreira de Lido e Pellestrina guardam as enseadas da lagoa.  Outras ilhas importantes incluem o bucólico Sant'Erasmo, uma grande ilha agrícola que ainda fornece muitos dos legumes da cidade. San Francesco del Deserto e San Lazzaro degli Armeni, ambos ainda são o lar de mosteiros. As ilhas mais pequenas ainda em uso são San Servolo e Sant'Andrea. San Servolo foi em tempos um hospital psiquiátrico e faz agora parte da Universidade Internacional de Veneza. San Clemente com o seu hotel continua a ser um dos destinos mais elegantes de Veneza. 

Muitas das ilhas da lagoa estão agora desabitadas, devido à concentração noutras áreas mais produtivas, à ascensão da lagoa e a outras variáveis. Nos últimos anos, o desenvolvimento industrial, o turismo de massas, os grandes navios e outros factores têm minado o delicado equilíbrio. A Câmara Municipal de Veneza tentou travar a ascensão da lagoa criando um sistema de diques móveis chamado Mose, que começou em 2003. Ainda não foi concluída.  A sua função é conter o influxo excessivo de água através de aberturas nos bancos de areia da lagoa.

O ecossistema lagunar é certamente muito precário, mas ao longo dos séculos tem conseguido sobreviver. As alterações climáticas não irão certamente ajudar a lagoa e o seu já sensível equilíbrio.